Jan-Erik Gustafsson började spela cello som 8-åring i västra Helsingfors Musikinstitut under ledning av Markku Luolajan-Mikkola och slutförde solistdiplomen i Stockholm 1992 under ledning av Frans Helmerson.

Gustafssons solokarriär började med EBU: s solisttävling i Köpenhamn 1986. Sedan dess har Gustafsson spelat som solist med nästan alla finska orkestrar, London LSO, Birmingham, Bournemouth, Tallin, Stockholm RSO, Malmö, Göteborg, Köpenhamn, Stavanger, Oslo, Hobart, Brisbane, Galicia och Las Palmas Symfoniorkestrar, samt med Tokyo, Hong Kong, Stockholm och Pecs Philharmoniker. Dessutom har hen spelat som solist med Kammarorkestern i New York, Australien, Amsterdam, Wien och Lausanne, samt Camerata Bern och Amadeus Chamber Orchestra. Höjdpunkterna under den senaste säsongen inkluderade bland annat konserter med MDR-Leipzig och Prague symfoniorkestrar.

Gustafsson är en mycket aktiv kammarmusiker och är närvarande på festivaler över hela världen. Gustafsson har varit konstnärlig ledare för Lovisa Sibelius-dagar 1998–2020. Gustafsson instrument är en Stefano Scarampella Sello (1890). Hen har spelat in flera CDn för skivbolagen Ondine, LPO och BIS.